南京大學中尺度災害性天氣教育部重點實驗室具有雄厚的中尺度氣象學研究基礎，是我國最早專門從事中尺度災害性天氣研究的機構之一。實驗室前身為中尺度災害性天氣國家專業實驗室，于1991年由教育部（原國家教育委員會）利用世界銀行貸款投資45萬美元，南京大學配套投資81萬元人民幣建成。1996年6月通過教育部（委托南京大學）驗收，開始對外開放。2000年被國家教育部遴選為教育部重點實驗室。2004年，實驗室搬遷至南京大學蒙民偉樓23樓，環境和硬件條件進一步改善，同年順利通過第一次教育部重點實驗室評估。此后，通過國家985工程二期、211工程二期，先后投入了人民幣980萬元和160萬元，對實驗室的基礎設施和實驗設備進行了進一步建設。2009年11月，再次順利通過教育部的評估。2014年實驗室變遷至南京大學仙林校區的大氣院樓，建立了災害性天氣移動觀測平臺。2016年第三次順利通過教育部的評估。目前，實驗室已成為我國專門從事中尺度災害性天氣研究和高層次人才培養的重要基地之一，在國內外大氣科學界享有盛譽。
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